Program Pascasarjana UNIDA Gontor menggunakan sistem dua semester. Setiap semester terdiri dari 16 (enam belas) minggu. Masa libur, 2 minggu liburan pertengahan semester dan dua bulan liburan akhir semester.
- Masa aktif semester ganjil : 01 Dzulqa’dah – Akhir Safar
- Libur tengah semester : 01 R. Awwal – 20 R. Awwal
- Masa aktif semester genap: 21 R. Awwal – 21 Rajab
- Libur akhir semester : 22 Rajab – Akhir Syawwal