Program Pascasarjana UNIDA Gontor menggunakan sistem dua semester. Setiap semester terdiri dari 16 (enam belas) minggu. Masa libur, 2 minggu liburan pertengahan semester dan dua bulan liburan akhir semester.
Masa aktif semester ganjil : 01 Dzulqa’ – Akhir Safar
Libur tengah semester : 01 R. Awwal – 20 R. Awwal
Masa aktif semester genap: 21 R. Awwal – 21 Rajab
Libur akhir semester : 22 Rajab – Akhir Syawwal